Theo quy định tại khoản 1 Điều 45 Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14 và Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP của Chính phủ thì:

Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế cho toàn bộ hoạt động SXKD tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp, trừ trường hợp phải kê khai riêng quy định tại điểm h khoản 1 và điểm a khoản 6 Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP.

 Trường hợp người nộp thuế có đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh khác tỉnh có thu nhập được hưởng ưu đãi thuế TNDN thì:

- Tạm nộp TNDN quý: Người nộp thuế không phải nộp hồ sơ khai thuế quý nhưng phải xác định số thuế tạm nộp hàng quý theo quy định tại điểm b khoản 6 Điều 8 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP để nộp tiền thuế thu nhập doanh nghiệp tại từng tỉnh nơi có đơn vị được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. 

- Khai quyết toán năm: NNT xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của hoạt động được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo mẫu số 03-3A/TNDN, 03-3B/TNDN, 03-3C/TNDN, 03-3D/TNDN kèm theo hồ sơ quyết toán thuế và nộp cho cơ quan thuế nơi có đơn vị được hưởng ưu đãi khác tỉnh và cơ quan thuế quản lý trực tiếp. 

Người nộp thuế thực hiện kê khai tổng hợp toàn bộ kết quả sản xuất kinh doanh của người nộp thuế trên tờ khai 03/TNDN tại trụ sở chính.

Trường hợp người nộp thuế thuộc trường hợp phân bổ thuế TNDN theo quy định tại khoản 1 Điều 17 Thông tư số 80/2021/TT-BTC thì người nộp thuế tính phân bổ, kê khai thuế TNDN theo quy định tại khoản 2,3 Điều 17 Thông tư số 80/2021/TT-BTC.