Theo khoản 2 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/6/2014 của Bộ Tài chính: Trong thời gian được hưởng ưu đãi thuế TNDN nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp phải tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế TNDN và thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng.

- Cột 13 phục lục 03-3A/TNDN: Doanh thu tính thuế là doanh thu từ hoạt động sản xuất, kinh doanh của hoạt động được hưởng ưu đãi.

- Cột 15 thu nhập miễn thuế: là các thu nhập được miễn thuế TNDN theo pháp luật hiện hành. Cụ thể các thu nhập được miễn thuế được hướng dẫn tại điều 8 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/06/2014 của Bộ Tài chính và các Thông tư sửa đổi, bổ sung Thông tư số 78/2014/TT-BTC.

- Cột 18 – Thuế suất ưu đãi:

+ Doanh nghiệp thuộc trường hợp áp dụng mức thuế suất ưu đãi theo Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/06/2014 của Bộ Tài chính và các Thông tư sửa đổi, bổ sung Thông tư số 78/2014/TT-BTC thì ghi mức thuế suất ưu đãi tại Cột 18 Phụ lục  03-03A/TNDN.

+ Doanh nghiệp trong thời gian được ưu đãi miễn thuế thì tại cột 22 – Tỷ lệ giảm thuế theo Điều 20 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/06/2014 của Bộ Tài chính và các Thông tư sửa đổi, bổ sung Thông tư số 78/2014/TT-BTC tại Phụ lục 03-03A/TNDN Doanh nghiệp kê khai là 100%.